MariaDB est née d'une bifurcation de MySQL et est restée compatible pendant des années. Elles ont depuis assez divergé pour que passer de l'une à l'autre soit une migration et non un échange - mais pour une application PHP ordinaire, les deux exécutent le même schéma et les mêmes requêtes.

Là où l'écart compte vraiment

  • JSON. MySQL possède un vrai type JSON avec indexation. MariaDB stocke le JSON en texte avec une contrainte de vérification : portable, et plus lent pour tout ce qui interroge l'intérieur du document.
  • La réplication. MySQL utilise les GTID, MariaDB a son propre mécanisme. Ils ne sont pas interchangeables : un réplica ne peut donc pas être de l'autre bord.
  • Les fonctions de fenêtrage et les CTE. Les deux les ont désormais ; les installations anciennes, de l'une comme de l'autre, peut-être pas.
  • Les moteurs de stockage. MariaDB livre des extras comme Aria et ColumnStore. Presque personne n'en a besoin.

Comment savoir laquelle vous avez

mysql -V
mysql -e "SELECT VERSION()"
# 10.x or 11.x is MariaDB; 8.x is MySQL

Passer de l'une à l'autre

Export et import, jamais une copie de fichiers. Les répertoires de données ne sont pas compatibles, et un datadir copié donne une base qui démarre puis se comporte bizarrement - bien pire qu'une base qui refuse de démarrer.
mysqldump --single-transaction --routines --triggers --default-character-set=utf8mb4 db > db.sql
# then import into the other engine and CHECK the row counts per table

Laquelle choisir pour un site neuf

Celle que fournit votre distribution et que prend en charge votre hébergeur. L'écart de performance pour une application PHP courante est dans le bruit ; ce qui compte bien davantage, ce sont le buffer pool, les index et les requêtes - voyez innodb_buffer_pool_size et quand ajouter un index.

Si votre application en documente une en particulier, prenez celle-là. Les problèmes de compatibilité sont rares et pénibles quand ils surviennent.